木瓜一般高2－3米。其樹干直立，底層分枝較少，主要在頂部生長。樹葉大，葉柄也長；花乳白色，有雌花、雄花和兩性花。雄花的花型小，花瓣基部筒狀；兩性花按雌蕊、雄蕊發育的情況又分為雌型兩性花、雄型兩性花和長圓形兩性花等3種，以長圓形兩性花發育的果實好。因花性的不同，植株可分單性株和兩性株，雌株只開雌花，花性穩定，如有兩性株的花粉授粉，結果力強，亦有天然單性結實現象。兩性株開各種類型的花，往往受外界條件影響，花性不穩定，結出不同的果實，稱異型果現象。

果實長圓形、卵形或洋梨形，單果重1－2.5千克，成熟時果皮由綠變黃，肉厚，肉質軟滑，橙黃色或紅色。種子未成熟時白色，成熟時黑色，外種皮有皺紋，種皮外有一層透明膠質的假種皮包圍。