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大棚在使用前，必須進行消毒。消毒所用藥物，要因棚、因病蟲害種類而異。在消毒程序和內容上應抓住以下3個方面：
一、空間消毒：應在播種或定植前7天～10天進行。每立方米用硫磺4克、鋸末8克混勻，放在容器內燃燒，時間宜在晚上7時左右進行，熏煙密閉24小時。也可以按每立方米用25％百菌清1克、鋸末8克混勻，點燃熏煙消毒。
二、棚架、設備、工具等消毒：多用1∶50～1∶100的福爾馬林水溶液洗刷或噴灑。
三、土壤消毒：要根據大棚土壤的病蟲種類選用農藥，在定植前10天～15天進行。枯萎病發生嚴重的大棚，可向壟溝或地面噴澆100倍～200倍福爾馬林液，然后用薄膜覆蓋5天，半月后藥劑全部揮發完畢，即可播種和定植。